歷經很多年的廣泛應用，中小型鍋爐具有的煙氣脫硫除塵技術也在不斷的發展與完善，其工藝系統以及技術水平都得到更大的創新以及提高。然而在實際使用的時候，還會存在很大問題。

1）總體而言，裝置的脫硫效率較低，與此同時處理產生的泥漿的操作也非常復雜與困難，極易導致二次污染。

2）出現嚴重的結垢情況。除塵脫硫一體化的裝置，特別是當脫硫劑選定位石灰的石灰，就會出現更加嚴重的結垢現象。經常會出現系統堵塞，從而對系統的正常運行產生阻礙。在理論上而言，如果漿液的pH值增大，可以使得脫硫效率大大增強，然而這樣也會在更短的時間內迅速結垢，從而堵塞管道。

3）出現嚴重的腐蝕現象。例如水蒸氣以及煙氣里的S02會發生相互反應，從而產生亞硫酸，這樣就會在極大程度上腐蝕設備以及管道。假如沒有使用科學、有效的材料，也會在短期內出現由于腐蝕導致的穿透現象，使得脫硫除塵工藝系統無法有序、穩定的運行。

4）脫硫裝置會耗費非常多的水資源。由于蒸發比較厲害，所以需要補充很多的洗滌水，難以有效的利用循環水，于是造成水資源的巨大浪費。